Das spannende und emotionale JRPG spielt drei Jahre nach den Geschehnissen von Atelier Ryza: Ever Darkness & the Secret Hideout. Ryza begibt sich auf ein neues Abenteuer, auf dem sie die Geheimnisse alter Ruinen erforscht und versucht, die Wahrheit hinter einer verlorenen Legende zu erkunden. Auf ihrer Reise wird sie von zahlreichen neuen und alten Freunden begleitet, u.a. Ryzas neuem liebenswürdigen und pelzigen Begleiter „Fi“.
Eine weitere Neuheit in Ryza 2 ist das weiterentwickelte Synthesis-System, das es der Heldin erlaubt, einzigartige Gegenstände auf ihrer Reise zu sammeln und zu kombinieren. Das System wurde für neue Spieler zugänglicher gemacht, ermöglicht aber gleichzeitig erfahrenen Alchemisten, tiefer in die Künste einzutauchen und „Essence“ sowie „Evolution-Link“ zu nutzen. Eine weitere einzigartige Fähigkeit von Ryza ist „Research Ruins“. Mithilfe von Konversationen kann sie Gebiete in den Ruinen aufdecken und sie anschließend erkunden. In der Dunkelheit ist es ihr möglich, die wahren Mysterien aufdecken.
Fans, die Atelier Ryza 2: Lost Legends & the Secret Fairy innerhalb der ersten beiden Wochen nach Veröffentlichung erwerben, erhalten den Early-Purchase-Bonus: das Summer-Fashion-Costume-Set. Spieler mit einem alten Speicherstand aus Atelier Ryza: Ever Darkness & the Secret Hideout können das Classic-Costume-Set freischalten.