Der Super Cube i3SE ist mit einem sechsachsigen Bewegungssensor und einem Mikro-Controller ausgestattet, dessen intelligenter Erkennungsalgorithmus automatisch jede Drehung aufzeichnet. Über Bluetooth V4.0 wird der Würfel mit einer kostenlos erhältlichen Mobile App für iOS und Android verbunden, mit der die Bewegungen des Würfels gespeichert und auf dem Display angezeigt werden. Anschließend wird den Spielern der schnellste Weg zur Widerherstellung des ursprünglichen Würfel-Layouts anzeigt und Unterstützung bei der Ausführung der notwendigen Drehungen angeboten. Auf diese Weise lässt sich jeder Würfel innerhalb von ca. 30 Zügen lösen.
Die App umfasst zudem fünf unterschiedliche Modi, die von Tutorials für Neulinge über Zeitmessung bis hin zu einem Online-Wettkampf-Modus inkl. Bestenlisten gegen Spieler auf der ganzen Welt reichen. Zusätzlich bietet die App auch einige Minispiele, mit deren Unterstützung die eigene Auffassungsgabe, das Erinnerungsvermögen und die Reaktionsschnelligkeit trainiert werden können.
Damit der Super Cube i3SE sein Signal immer zuverlässig an die App sendet, muss der verbaute Akku regelmäßig geladen werden, dessen Laufzeit bis zu 90 Tage beträgt.