Der Story-Modus in CAPTAIN TSUBASA: RISE OF NEW CHAMPIONS lässt SpielerInnen die Geschichte von Tsubasa Ozora, die Tsubasa Episode, erleben. Neben dem gesamten National Middle School Turnier beinhaltet der Story-Modus auch noch weitere spannende Spiele und Original-Teile der Geschichte. Es werden nicht nur die Tachiban-Zwillinge, Hikaru Matsuyama und Kojiro Hyuga als Rivalen von Tsubasa erscheinen, sondern auch viele weitere Charaktere werden ihre besten Moves auf dem Spielfeld zeigen. Abhängig vom Spielstand und Spielverlauf erscheinen unterschiedliche Cutscenes, die entweder die Geschichte nacherzählen oder völlig neue Überraschungen bereithalten.