In LEGO Ninjago: Schatten des Ronin schlüpfen die Spieler in die Rollen ihrer liebsten Ninja-Kämpfer und nutzen ein Arsenal neuer Vehikel, Mechs und Drachen, um sich ihren Weg durch das Ninjago-Universum zu kämpfen. Ein neuer Gegner namens Ronin tritt in Erscheinung und raubt den Ninjas mit seiner Obsidian Glaive-Waffe die Erinnerungen. Die Spieler müssen diese Waffen finden und ihre Kräfte wiedererlangen, bevor Ronin seine finsteren Pläne in die Tat umsetzen kann.