In der alternativen Zeitlinie von Prey hat Präsident Kennedy das Attentat überlebt. Dadurch wird eine Reihe von Ereignissen ausgelöst, die sich dramatisch zuspitzen. Kennedy forcierte das Raumfahrtprogramm seiner Nation und übernahm die Kontrolle über ein Gemeinschaftsprogramm von USA und UdSSR. Er verwandelte einen russischen Satelliten in eine voll funktionsfähige Forschungsanlage, die Außerirdische untersuchen sollte. Diese Anlage entwickelte sich zur Talos I, einer hochmodernen Raumstation im Besitz der TranStar Corporation.
In den wenigen Jahren seit der Übernahme durch TranStar wurde die Station zum Schauplatz moralisch fragwürdiger Experimente, bei denen die Menschen an Bord als Versuchspersonen dienten – Menschen wie Morgan Yu. Als Morgan im Jahr 2032 auf der Talos I erwacht, wurde die Station von einer außerirdischen Lebensform namens Typhon überrannt. Wissenschaftler hatten diese Wesen unter Verschluss gehalten und untersucht – mit dem Ziel, die Fähigkeiten der Menschen zu verbessern. Mithilfe seltsamer Alien-Kräfte müssen Sie als Morgan jetzt den Ausbruch überleben, die Typhon-Geheimnisse aufdecken und die Menschheit vor der drohenden Gefahr an Bord der Station retten.