Im Spiel schlüpfen die Spieler in die Rolle von Marcus Holloway, einem brillianten jungen Hacker, der in der Wiege der technologischen Revolution, in der San Francisco Bay Area, lebt. Mit der Kunst des Hackens und der berüchtigten Hackergruppe DedSec an ihrer Seite starten die Spieler den Cyberangriff des Jahrhunderts, um das städtische Betriebssystem für Infrastrukturnetzwerke ctOS 2.0 lahmzulegen, das in der Hand korrupter Unternehmen wie BLUME genutzt werden kann, um Bürger in großem Umfang zu überwachen und zu manipulieren.